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이 이야기의 주인공인 그루누이는 파리의 악취 나는 생선 좌판대 밑에서 사생아로 태어났다. 더욱 신기한 것은 이 아이에게는 인간이면 누구나 지니고 있는 ′체취′가, ′냄새′가 없었다. 하지만 정작 본인 자신은 뛰어난 후각으로 모든 냄새에 민감했고 반응을 보였다. 그는 냄새만으로 어떤 물건이나 사람의 위치까지 추적해 낼 만큼 뛰어났다.
어느 날 그는 한 여인의 향기에 취해 그녀를 뒤쫓아가 죽이고 향기를 자신의 것으로 취한다. 그 후 그는 파리의 향수 제조장에서 일하면서 자신만의 뛰어난 능력을 발휘하여 향수를 만드는데 실력을 발휘하게 된다. 그러나 그는 더욱더 최고의 향기를 위한 일에 몰두하게 되며 자신에게 냄새가 나지 않는다는 사실을 깨닫고 몹시 괴로워하게 된다.
마침내 그는 최고의 향수, 모든 이들을 매혹시켜 지배할 그런 향수를 만들기 위해 끔찍한 계획을 세우게 된다.